Suverenita Slovenského štátu (od 21. júla 1939 Slovenskej republiky) bola od začiatku oklieštená "ochrannou zmluvou" s Nemeckom z 23. marca 1939. Slovenský štát sa zaviazal viesť zahraničnú politiku v súlade "so záujmom" Nemecka, ktoré mu garantovalo politickú nezávislosť a integritu, avšak v oklieštenej podobe. V zmysle ochrannej zmluvy bola vytvorená na západnom Slovensku tzv. ochranná zóna, v ktorej si nemecká armáda mohla zriaďovať vojenské posádky a súčasne v nej disponovala aj rozsiahlymi právomocami.

Ochranná zóna bola vytvorená na západnom Slovensku na základe zmluvy z 23. marca 1939. Jej postavenie bližšie špecifikovala Zmluva o ochrannom pásme z 12. augusta (vrátane dodatku), ktorá zaručila rozsiahle právomoci nemeckej armáde na území zóny, ktorej rozsah bol v predmetnej zmluve bližšie špecifikovaný (celé Záhorie, Malé Karpaty a Myjavsko, od Nového Mesta nad Váhom na sever bola hranica posunutá až k západnému brehu Váhu, ďalej na sever postupovala pozdĺž západného brehu Kysuce až k hraniciam s Poľskom). Nemci získali aj právo na používanie niektorých komunikácií a miest mimo zónu na pravej strane rieky Váh.

V zóne si mohli Nemci zriaďovať vojenské objekty a nárokovať si na vojenské účely verejné budovy, pozemky a vziať si do užívania aj súkromné budovy a pozemky. Mohla v nej pôsobiť vojenská špionáž, kontrašpionáž, ako aj nemecká vojensko-policajná exekutíva. Príslušníci Wehrmachtu tam podliehali len nemeckému súdnictvu. To iste platilo aj pre nemeckých občanov, pokiaľ spáchali trestné činy proti Nemecku. Slovenské súdnictvo a bezpečnostné orgány museli byť nemeckým orgánom nápomocné.

Mapa Slovenského štátu po odstúpení území Nemecku (1) a (4) Maďarsku
viedenskou arbitrážou (2) a po Malej vojne (3) vytvorení ochrannej zóny (5)

Na ochrannú zmluvu naviazala "Zmluva o demontáži a odvoze zariadení a na výrobu a skladovanie bojových látok" aj "Dohoda o budovaní slovenskej brannej moci". Slovenská armáda sa začala formovať "v zhode" s nemeckou brannou mocou. Na Slovensku sa preto etablovali jej poradné orgány na čele s nemeckou vojenskou komisiou. V októbri 1939 ju vystriedala Nemecká vojenská misia a Nemecká letecká misia. Podľa nemecko-slovenskej zmluvy z 9. októbra mali obidve misie voči MNO len poradnú funkciu, mohli však byť kedykoľvek „zasvätené“ do jeho nariadení.

Nemecká vojenská misia mala byť armáde Slovenského štátu nápomocná aj v otázkach týkajúcich sa budovania pozemného vojska a brannej moci ako takej. Jej šéf usmerňoval aj činnosť dôstojníka pre branné hospodárstvo, vojenské spravodajstvo, spoje, dopravného dôstojníka a splnomocnenca pre železnice. Letecká misia mala pôsobiť ako poradný orgán pre vzdušné zbrane aj pre civilné letectvo.

Nemci však prejavili záujem aj o slovenský vojenský priemysel. Keď nemecký kapitál pohltil Škodove závody v Plzni aj Čs. zbrojovku v Brne, tak ovládol aj závod Škodovky v Dubnici nad Váhom a závod Zbrojovky v Považskej Bystrici - t.j. dva najväčšie zbrojárske závody na Slovensku! Podobným spôsobom sa Nemci zmocnili ďalších podnikov. Ich zapojenie do vojnového úsilia uľahčila "Zmluva o vojnovom hospodárstve" z 30. januára 1940, podľa ktorej poskytlo Slovensko rozhodujúce práva na disponovanie a kontrolu 25 podnikov; neskôr k nim pribudli aj ďalšie. Postupne vznikali ešte aj ďalšie významné podniky so zbrojnou výrobou.