Po Trockého nariadení o odzbrojení čs. armádneho zboru sa mu nepodarilo zachovať si neutralitu a nezasahovať do udalostí v Rusku. Boľševici začali všemožne brániť pohybu ich vojenských útvarov po Transsibírskej magistrále. Počas presunu bol čs. armádny zbor bol postupne zatiahnutý do občianskej vojny. Do jesene 1918 obsadil prakticky celú Transsibírsku magistrálu. Po celej 9 tisíc kilometrov dlhej ceste zbor preberal kontrolu aj nad mestami do ktorých prichádzali jeho vlaky s vojskom. Odstraňoval v nich moc sovietov a odovzdával ju predrevolučným orgánom. Dochádzalo však čoraz častejšie aj k otvoreným zrážkam s oddielmi vznikajúcej Červenej armády.

V Kazani vojsko čs. armádneho zboru "zaistilo" zlatý poklad bývalej Ruskej ríše, ktorý odovzdali vodcovi bielogvardejského hnutia na Sibíri a Urale admirálovi Kolčakovi. Ruskí historici tvrdia, že nie celý. Potom však začali boľševici vytlačovať bielogvardejcov. Velenie čs. armádneho zboru im výmenou za možnosť vrátiť sa do vlasti odovzdalo admirála Kolčaka. Neutralitu sa čs. armádnemu zboru v zemi zachvátenej občianskou vojnou dodržať nepodarilo. Zasahovaním do vnútorných záležitostí Ruska a vydaním Kolčaka boľševikom rozhodli nakoniec aj o porážke bielogvardejskeho hnutia.