V druhej polovici roka 1918 sa situácia čs. vojska v Rusku skomplikovala. Úlohy kladené na čs. armádny zbor presahovali možnosti zhruba 60 tisíc bojaschopných vojakov. Keď neprišli do Ruska prisľúbené posily vojsk Dohody a dorazili tam zvesti o vzniku samostatného Československa, čs. vojaci sa domnievali, že boli ponechaní na Sibíri napospas svojmu osudu. V novembri 1918 pricestoval na Sibír v sprievode francúzskeho generála Janina minister vojny nového čs. štátu generál Štefánik, ktorý zistil, že čs. armádny zbor už nie je schopný plniť žiadne bojové úlohy. Na poradách so spojeneckými vojenskými činiteľmi dosiahol, aby boli čs. pluky stiahnuté z frontu proti boľševikom a aby čs. armádny zbor prevzal ochranu sibírskej železnice.

Po odovzdaní ( vojenského ) velenia čs. armádnemu zboru generálovi Janinovi a politických záležitostí Bohdanovi Pavlů odcestoval Štefánik dňa 20. januára 1919 z Ruska. Po návrate do Paríža vynaložil maximálne úsilie, aby sa urýchlil presun čs. vojska z Ruska do vlasti. Z celkového počtu 71 310 dobrovoľníkov čs. jednotiek a vojska v Rusku bolo 5 104 Slovákov. Sťahovanie čs. vojska z Ruska sa začalo 15. januára 1919 a posledný lodný transport bol vypravený 2. septembra 1920. V priebehu 10 mesiacov dopravilo 40 lodí do ČSR okolo 68 tisíc legionárov a ich rodiny. V bojoch v Rusku padlo spolu 4112 čs. dobrovoľníkov.